A Comissão Nacional de Proteção das Crianças e Jovens em Risco (CNPCJR) tem como missão planificar a intervenção do Estado e a coordenação, acompanhamento e avaliação da ação dos organismos públicos e da comunidade na proteção de crianças e jovens em risco.

Entre as atribuições da CNPCJR, destacam-se:

• Adequar a ação de todas as entidades e programas de intervenção na área das crianças e jovens em risco; 
• Dinamizar a criação de centros de acolhimento de emergência nos locais necessários;
• Coordenar a transição dos menores do sistema de justiça para o sistema de solidariedade social;
• Acompanhar a elaboração do diagnóstico da situação das crianças institucionalizadas;
• Apoiar as comissões de proteção de menores, de forma a melhorar a qualidade do seu desempenho.